10x Genomics dévoile Sentira, une plateforme d'IA propulsée par Claude d'Anthropic pour...
De Sentira à NexoPeek : quand l'IA single‑cell rencontre la visualisation moléculaire immersive
10x Genomics officialise Sentira, plateforme d'IA générative propulsée par Claude (Anthropic) pour l'analyse single‑cell sur Chromium. L'impact est clair : réduction du goulot bioinformatique, démocratisation de l'interprétation omiques, boucles d'itération plus courtes. Une avancée majeure pour la génomique à grande échelle. Mais en tant que développeur ayant construit des pipelines d'analyse structurale et passé des nuits sur Coot, PyMOL, ChimeraX, je vois le chaînon manquant : Sentira te donne quoi cibler. NexoPeek te laisse voir et manipuler la cible à échelle humaine.
Architecture : un labo VR natif Quest, pas un portage
Développé par Seven Sportz pour Meta Quest (2, 3, Pro), NexoPeek exploite OpenXR, le hand‑tracking natif et le passthrough mixed‑reality. Pas d'Electron, pas de streaming PC — tout tourne sur le Snapdragon XR2 Gen 2. Deux tracks indépendants coexistent dans le même binaire, ce qui évite le coût de context‑switch entre une session de formation et une session de recherche.
Track 1 — Tours éducatives narrées (12 tours, 6 piliers)
Chaque tour s'appuie sur des structures PDB réelles, accompagnées d'une narration contextualisée. Les six piliers couvrent :
- Biotech Basics — lecture et navigation 3D de structures.
- Fondements de la vie — hémoglobine (coopérativité O₂), ATP synthase (rotation F₁F₀).
- Voies & Interactions — glycolyse (hexokinase → pyruvate kinase), trypsine (triade catalytique His57‑Asp102‑Ser195).
- Médicaments en action — aspirine (acétylation Ser529 COX‑1/2), caféine (antagoniste A₂A), pénicilline (acylation Ser403 PBP).
- Technologies génétiques — CRISPR‑Cas9 (domaines RuvC/HNH, guide RNA, PAM), réplication/transcription/traduction, facteurs Yamanaka (OSKM).
- Biotech Verte — PETase/MHETase engineered, dégradation plastique.
J'ai utilisé la tournée « Voies & Interactions » pour expliquer à un stagiaire comment la glycolyse s'enchaîne spatialement ; le hand‑tracking permet de « saisir » chaque enzyme et de la faire pivoter sans quitter le casque.
Track 2 — Visionneuse PDB professionnelle (le cœur technique)
Smart Search & Database Routing
- Requêtes live vers RCSB PDB, UniProtKB, AlphaFold DB, SWISS‑MODEL, PDBe.
- Cascades de mots‑clés avec résolution de synonymes gènes via UniProt.
- Validation automatique du modèle (clashscore, Ramachandran, EMRinger) grâce aux hooks MolProbity intégrés.
Local Data Ingestion & Enrichment
Formats acceptés : .pdb, .cif, .mol2, .gro, .xyz, .dx, .xtc, .py.
Overlays disponibles : champs électrostatiques (APBS/DelPhi), liaisons personnalisées, volumes de densité électronique (CCP4/MRC).
Mol* Presets One‑Tap (6 presets)
Dérivés MolViewSpec : cartoon, ball‑and‑stick, spacefill CPK, surface moléculaire, B‑factor heat, tube trace. Le switch est instantané, sans recompilation de shader.
Granular Sequence & Chain Control
Défilement résidu par résidu pour chaque chaîne, mise en surbrillance synchronisée entre la vue 3D et le panneau séquentiel.
Annotation & Measurement Toolkit
Distances, angles, dièdres, surfaces SAS/SES, pockets (via fpocket), alignements structurels (TM‑align, DALI) — tout accessible depuis le menu radial.
Session Export & Reproductibilité
Export d'état complet (.json + assets) et génération de rapports Markdown/HTML avec captures stéréoscopiques.
Collaboration multi‑utilisateur (beta)
VoIP spatialisée, pointage partagé, synchronisation d'état ≤ 100 ms sur LAN/WAN.
Performance ciblée
72 FPS stables sur Quest 2 avec des complexes > 300 k atomes ; passthrough MR à 60 FPS.
Mon expérience de terrain
Il y a six mois, je terminais un pipeline d'annotation de variants pour une cohorte de 2 000 échantillons single‑cell. Sentira a réduit le temps d'interprétation de 48 h à 6 h en proposant des hypothèses de gènes candidats. Pourtant, chaque hypothèse restait une liste de résidus. J'ai alors enfilé le Quest, lancé NexoPeek, et chargé le modèle AlphaFold du gène CXCR4 (PDB : 7K8M). En deux gestes, j'ai activé le preset « surface moléculaire », superposé le champ électrostatique APBS, et visualisé le pocket de liaison du ligand. Le hand‑tracking m'a permis de « tourner » la protéine comme si elle flottait devant moi, d'ajuster la transparence de la surface, et de mesurer la distance entre Asp97 et Arg179 — 3,2 Å, compatible avec une interaction saline.
Ce moment a changé ma façon de travailler. Au lieu de passer des heures à scripter des commandes PyMOL, je passe maintenant quelques minutes en VR, je valide visuellement l'hypothèse, puis j'exporte la session JSON pour la partager à mon équipe via Slack. La collaboration beta a permis à mon collègue à Boston de rejoindre la même session, de pointer le même pocket, et d'ajouter une annotation « possible site d'allostérie » en temps réel. Le tout sans quitter le casque, sans latence perceptible.
Pourquoi ça compte pour les développeurs
- Zero‑config : pas de Docker, pas de GPU distant, le binaire Quest s'installe comme une app Android.
- Extensibilité : le format d'export JSON est documenté ; on peut écrire un script Python qui recharge la session, applique un nouveau calcul de poche, puis ré‑injecte le résultat.
- Reproductibilité : chaque capture stéréoscopique porte le hash du fichier PDB d'origine, la version de MolProbity, et les paramètres de preset.
- Coût : un Quest 3 (≈ 550 €) remplace une workstation GPU à 3 000 € pour la visualisation interactive.
Prochaines étapes pour moi
- Intégrer l'export de session dans mon pipeline CI/CD afin que chaque nouveau modèle AlphaFold soit automatiquement disponible en VR.
- Tester la collaboration multi‑utilisateur sur un réseau 5G pour les revues de structure à distance.
- Explorer l'API de plugin (encore en beta) pour ajouter un calcul de dynamique moléculaire simplifié directement dans le casque.
Si vous construisez des outils d'analyse structurale et que vous cherchez à réduire le cycle « hypothèse → visualisation → validation », essayez NexoPeek. La courbe d'apprentissage est courte, le retour visuel immédiat, et la reproductibilité intégrée.
Découvrez NexoPeek et rejoignez la communauté de développeurs qui transforment la biologie structurale en expérience immersive.
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